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2004年、政府は年金保険料を年金給付以外の年金福祉施設等に安易に使用している公的年金流用問題が国会や新聞報道において批判されたことを受け、国から分離する事にしたことは国民も理解できた。

独立行政法人年金・健康保険福祉施設整理機構（ＲＦO）法を制定し、社会保険病院・厚生年金病院・船員病院を５年間所有・経営させた。

経営委託先は全社連。

平成２１年３月６日厚生労働大臣舛添要一は概略次の指示を出している。
１・所在地方公共団体から譲渡を進めるよう要望のあった社会保険病院等については、先行して譲渡を進める。
２・二以上の社会保険病院等を集団で譲渡することが適当である場合には、その方法により譲渡を進めて差し支えない。
３・譲渡の相手方は、地方公共団体、公益性のある法人又は医療法人とすること。

社保病院の存続法案「最優先で」　長妻厚労相
2010.07.14朝日新聞